Thành lập theo Nghị định số 246/CP ngày 27/12/1976 của Chính phủ với tên ban đầu là Viện Khoa học Tính toán và Điều khiển. Năm 1989 đổi tên là Viện Tin học.

Năm 1993 cùng với Trung tâm nghiên cứu hệ thống và quản lý, Trung tâm toán ứng dụng và tin học (thành phố Hồ Chí Minh) hợp nhất thành Viện Công nghệ Thông tin (CNTT).

Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động KHCN số 207, ngày 10/12/1993 của Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.